Covid, identikit delle varianti. Dall'Alfa alla Iota, come cambia il virus

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Sono oltre centinaia quelle del virus Sars-CoV-2, ma quelle che ci interessano sono solo una decina
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(aggiornato il 23 settembre 2021)

Più un virus si replica e circola, maggiore è la probabilità che nel suo genoma si verifichino cambiamenti. Si chiamano mutazioni e i nuovi microrganismi varianti. Quelle di Sars-CoV-2 sono oltre centinaia, riguardano soprattutto la proteina Spike, utilizzata per attaccarsi alle nostre cellule.

L'Oms (Organizzazione Mondiale della Sanità) le monitora in maniera costante, e, qualora fossero significative, segnala ai Paesi coinvolti gli eventuali interventi per prevenirne la diffusione.

La classificazione dell'Oms e la differenza tra "Voc" e "Voi"

Non tutte preoccupano o ci riguardano da vicino. Una distinzione importante si basa su due acronimi inglesi, Voc e Voi. Il primo sta per Variants of concern, cioè quelle varianti che destano preoccupazione. Il secondo per Variants of interest, varianti di interesse, controllate con attenzione, la cui rilevanza medica non si conosce ancora. Dai primi di giugno 2021 il principio di nomenclatura è sempre lo stesso, una volta abolito il criterio geografico: le lettere dell'alfabeto greco.

Per l'Oms, le varianti che destano preoccupazione (Alpha, Beta, Gamma, Delta) sono varianti di interesse "che si associano a uno o più dei seguenti criteri: aumento della trasmissibilità o cambiamento dannoso nell'epidemiologia di Covid-19; aumento della virulenza o cambiamento nella presentazione clinica della malattia; diminuzione dell'efficacia della sanità pubblica, delle misure sociali, della diagnostica, dei vaccini e delle terapie".

Delta o variante indiana

Emersa in India lo scorso dicembre, nel 2021 la Delta ha provocato una nuova ondata epidemica nel Paese asiatico. Oggi è prevalente in Europa e in Italia. Al momento è ritenuta più trasmissibile (+60%) della variante Alpha: il suo valore R0, ovvero il numero medio di persone che un individuo infetto può contagiare, è compreso tra 6 e 7 (R0 del ceppo iniziale tra 2 e 3). Inoltre, è in grado di evadere l'immunità ottenuta dalla prima dose di vaccino.

Un recente studio pubblicato sul settimanale statunitense New England Journal of Medicine ha confrontato l'efficacia dei vaccini Pfizer e AstraZeneca sulla variante Delta. Dopo una singola dose, per entrambi è intorno al 30% (sulla variante Alpha raggiungeva il 48%). Dopo due somministrazioni, l'efficacia di Pfizer sale a 88% (rispetto al 93,7% di Alpha) e quella di AstraZeneca a 67% (contro il 74,5% di Alpha). Tredici le mutazioni rilevate, che producono variazioni nelle proteine del virus. Quattro riguardano la Spike, ritenute dagli esperti particolarmente preoccupanti. Secondo Giovanni Maga, direttore dell'Istituto di genetica molecolare del Cnr (Consiglio Nazionale delle Ricerche), "per motivi non ancora chiari, è anche più abile a replicarsi e a diffondersi. La cosiddetta 'fitness virale'. Con il risultato che la quantità di virus presente nelle vie respiratorie può essere più elevata".

Variante R.1

L'ultima variante identificata nel tempo è la variante R.1, scoperta in Giappone e arrivata in una casa di cura nel Kentucky.Presenta 5 mutazioni osservate in altre varianti, di cui due sulla proteina Spike, ma ha anche molte mutazioni uniche. A far luce nel dettaglio su quella che viene definita "una variante da tenere d'occhio", è un articolo pubblicato su Forbes e firmato da William A. Haseltine, già professore della Harvard Medical School. Ma andrà studiata ancora.

Variante vietnamita

La variante vietnamita non è catalogata dall'Oms tra le Variants of concern. È infatti classificata come variante Delta, perché caratterizzata da un'unica nuova mutazione rispetto al virus indiano, su cui si è innescata un'ulteriore mutazione già osservata in una sottovariante inglese. Nella comunità scientifica ha destato preoccupazione per la velocità con cui si è diffusa in Vietnam alla fine di aprile, ma non esistono dati che dimostrino una maggiore infettività o virulenza. Come spiegato a Repubblica da Fausto Baldanti, responsabile del Laboratorio di Virologia Molecolare del San Matteo di Pavia, "bisogna valutare il livello di protezione nella popolazione, che non conosciamo, e le procedure di controllo dell'infezione, non ancora note".

Alpha o variante inglese

A dicembre la variante inglese, o Alpha, è stata la prima Variant of concern conosciuta. Dal Sud Est dell'Inghilterra si era diffusa con rapidità fino a diventare dominante in quasi tutto il Regno Unito, per poi raggiungere Stati Uniti e altre nazioni, tra cui l'Italia.

È caratterizzata da 23 mutazioni rispetto al virus wild type (selvaggio, identificato originariamente in Cina a inizio pandemia), 9 delle quali interessano la proteina Spike, causa di una maggiore infettività. Una ricerca ipotizza che le restanti 14 mutazioni (che hanno un altro bersaglio), potrebbero aver reso il virus in grado di inibire la produzione di interferone (proteina che conferisce resistenza agli agenti virali) da parte delle cellule infettate, rendendolo meno visibile al sistema immunitario e quindi più libero di agire prima che le nostre difese entrino in azione. Secondo i dati, la trasmissibilità rispetto al virus originale è superiore al 50%, con rischi di ospedalizzazione e morte di poco maggiori. La suscettibilità della variante Alpha ai vaccini disponibili sembra però la stessa del virus wild type, quindi la sua diffusione non dovrebbe compromettere l'esito delle campagne in atto.

Beta o sudafricana

La Beta è stata identificata in Sudafrica all'inizio dello scorso ottobre e ha raggiunto velocemente più di 80 nazioni in tutto il mondo. Sono 5 le mutazioni della proteina Spike ritenute pericolose dalla comunità scientifica. Per gli studi preliminari, alcune lo farebbero diventare più resistente all'azione del nostro sistema immunitario, riducendo l'efficacia di alcuni anticorpi monoclonali e dei vaccini, che però conserverebbero un'alta efficacia nel prevenire forme di malattia gravi.

Lignaggio C.1.2

Il lignaggio (gruppo di virus all'interno di una specie che differisce per minime porzioni di codice genetico) C.1.2 è presente in Sudafrica (2% dei genomi sequenziati a luglio 2021), Repubblica Democratica del Congo e Mauritius. Ma anche in Europa (Inghilterra, Svizzera, Portogallo), Asia (Cina) e Oceania (Nuova Zelanda). A maggio 2021 il Network for Genomics Surveillance in South Africa ha iniziato il monitoraggio di questo ceppo, che deriva da C.1, uno dei lignaggi responsabili della prima ondata di Covid-19 in Sudafrica. Per il momento l'Oms ritiene che non possieda i requisiti per essere classificato tra Voc e Voi. Da uno studio preliminare, sono state riscontrate più mutazioni sulla proteina Spike rispetto alle varianti che destano preoccupazione, caratteristica che potrebbe renderlo più trasmissibile e adatto a 'ingannare' il nostro sitema immunitario.

Gamma: la brasiliana

Isolata a gennaio in Giappone, si ritiene che la variante Gamma sia emersa a novembre dello scorso anno nella città di Manaus, e viene considerata il principale responsabile della seconda ondata di epidemia in Brasile. Presenta 12 mutazioni della proteina Spike ed è più infettiva rispetto al virus wild type, con un aumento di trasmissibilità tra il 20% e il 50%. Inoltre, sembra capace di aggirare l'immunità indotta da una precedente infezione, ipotesi che spiegherebbe perché Manaus abbia subito un'ulteriore ondata nonostante i numerosi casi registrati nel corso della prima, e giustificherebbe l'alta prevalenza di individui immuni nella popolazione, già riscontrata a maggio 2020. Non esistono dati che dimostrino una maggiore gravità della malattia, ma diversi indizi indicano un possibile rischio di reinfezione, una riduzione dell'efficacia dei vaccini modesta e totale di alcuni anticorpi monoclonali lanciati sul mercato gli scorsi mesi.  [[ge:rep-locali:content-hub:312823433]]

Le varianti di interesse

Le cinque varianti di interesse sono Eta, Iota, Kappa, Lambda e Mu. Eta è stata la prima segnalata dall'Oms. Scoperta in Nigeria a dicembre del 2020, ha raggiunto quasi 70 Paesi, senza diventare dominante. Presenta la mutazione E484K, la stessa della variante Iota, identificata negli Stati Uniti a novembre 2020, a New York, e diffusa soprattutto sul territorio americano. Kappa è stata individuata insieme a Delta in India, nel 2020, in quanto parte della stessa famiglia.

Lambda, isolata in Perù ad agosto 2020. Rilevata in 29 nazioni, sono pochi i casi nel nostro Paese, mentre è particolarmente diffusa in Sud America (Cile e Perù) e negli Usa. Sono tre le mutazioni importanti. Secondo uno studio preliminare, due aumenterebbero la contagiosità, l'altra permetterebbe di sfuggire agli anticorpi neutralizzanti, nonostante alcune pubblicazioni rassicurino sull'efficacia dei vaccini a mRna. "I nuovi casi di variante Lambda che sono stati segnalati recentemente sono nell'ordine di un paio per ogni Paese - ha spiegato Maria van Kerkhove, epidemiologa a capo del gruppo tecnico dell'Oms -. Quello che abbiamo osservato nei Paesi dove Lambda era maggiormente diffusa è che questa variante tende a decrescere via via che negli stessi luoghi si diffonde la Delta, che continua a essere quella con la maggiore capacità di trasmissione che abbiamo visto finora tra tutte le altre varianti".

Mu è stata identificata per la prima volta in Colombia, nel gennaio 2021. Segnalata nel report settimanale dell'Organizzazione Mondiale della Sanità lo scorso 30 agosto, è stata denominata con il lignaggio B.1.621. "Ha una costellazione di mutazioni che indica potenziali proprietà di fuga immunitaria", ha dichiarato l'Oms. Secondo il bollettino, alcuni focolai sono stati segnalati in Paesi europei e del Sud America, con il ceppo presente soprattutto in Colombia ed Ecuador, in costante aumento, data la prevalenza rispettivamente del 39% e del 13%.